مرض الطاعون من اشدالامراض اللي كانت بتهدد البشرية فهو مرض ينتشر في الهواء ويمكن ان يقضي علي اسرة واحدة في ٢٤ ساعة عندما ينخفض منسوب النيل ويشتد القحط والمجاعة تبدا الامراض في الانتشار ومن اشدهم الطاعون الذي قضي تلت سكان اروبا في عهد الامبرطوار جستنيان فعرف بطاعون جستنيان ومرض الطاعون ينتشر عن طريق الفئران واساسا من الحشرات وخاصة البراغيت ينتقل دم البراغيت المصابة بوباء الطاعون الي الفئران ومنها الي البشر فيكون اشد فتكا والطاعون هو من ضرب الحملة الفرنسية اثناء حصار عكا فعصت عكا علي نابليون بسبب انتشار وباء الطاعون بين افراد الحملة.
في سنة١٨٣١ استعان محمد علي بكلوت بك الطبيب الفرنسي مؤسس مدرسة الطب في مصر واتخد من طلبة الازهر طلاب في مدرسة الطب ليبدا عصر الطب في مصر من طلبة الازهر.
اقين محمد علي خطر وباء الطاعون علي مصر فبدابالتفكير مع كلوت بك في انشاء اول مراكز طبية في القري واستعان بالاطباء الفرنسين لتلك المراكز الطبية قبل أروبا نفسها وبدا في انشاء بالكرنتينة الحظر البحري في مناطق الازاريطة بالاسكندرية ودمياط وجميع مواني مصر المطلة علي البحر المتوسط ومحاصرة السفن القادمة من تركيا واروبا.
المحملة بالبضائع وقد يكون الفئران المنتشرة في السفن سببا في انتشار الوباء ووصولة الي مصر عن طريق السفن.
وبالفعل تسلل الطاعون الملقب بالموت الاسود الي مصر سنة ١٨٣٤ عن طريق السفن فانتشر الوباء في مصر انتشار النار في الهشيم وكان محمد علي يدرك ذلك فعمل كردونا طبيا حول الاسكندرية وامر بضرب كل من لايبلغ عن مريض لدية بالرصاص فانتشرت الجثث في الشوراع ودفنها في البيوت خشية من اوامر محمد علي استقدم محمد علي نساء من فرنسا لتعطي النساء المصريات ملابس نظيفة خالية من البكتريا والبراغيت والاستحمام اليومي لمنع انتشار الوباء وعزل الاحياء عن بعضها البعض وتحمل نفقات علاج الاسر الفقيرة وعزلهم في مراكز طبية بعيدة عن المدينة.
ظل محمد علي يكافح ضد انتشار الوباء ومحصارتة لعام ١٨٤٤ حوالي عشر سنوات ونجح بالفعل قبل أروبا في القضاء علي المرض.
